むし歯が進行すると、歯の中にある神経へと感染が広がり炎症を起こし強い痛みがでます。ここまで進行したむし歯は、歯の中にある感染した神経を取り除き消毒を行い薬剤を詰め密閉します。なるべく無菌状態に近づけ、神経にかわる物（お薬）を詰める処置を行います。また複雑な解剖学的根管形態の場合、根管形態の確認のためCT（３次元エックス線断層写真）を撮影することがあり、その結果を用い能動型機器を併用することもあります。